Я вижу то же самое при использовании проектов .pmdoc, сгенерированных с помощью GUI PackageMaker.
Файлы, которые составляют .pmdoc, содержат встроенные абсолютные пути к различным вещам, включая сам файл .pmdoc. Это происходит независимо от того, измените ли вы пути к установленным файлам относительно расположения .pmdoc или что-то еще.
После некоторых экспериментов выясняется, что если вы перемещаете .pmdoc или делаете что-либо еще, изменяющее его местоположение или среду, PackageMaker сбрасывает все виды значений по умолчанию - и это включает в себя права владельца / группы, а также флаги перемещения и понижения компонентов. Это происходит в памяти PackageMaker, поскольку все файлы компонентов, из которых состоят мои файлы .pmdoc, заблокированы моей системой управления версиями (Perforce), и я убедился, что они не изменились.
Пока что я просто настраиваю машину сборки и папку сборки и ничего не перемещаю.
В более долгосрочной перспективе я намерен перейти к созданию файлов .pkg с использованием интерфейса командной строки PackageMaker, что, очевидно, и делает Apple. Я нашел довольно хорошую статью с советами по этому поводу.
Обновление
Эта статья содержит большое обсуждение и пример простого установщика, созданного с использованием утилиты командной строки "packagemaker". Заменив очевидные значения в примере, это сработало в первый раз, из коробки, на каждой машине, на которой я его пробовал, без всякой случайной перезагрузки. Таким образом, я достиг за час больше, чем за два дня с PackageMaker. Забросьте GUI и используйте это - вы будете счастливы.
Если вы действительно хотите использовать графический интерфейс для сборки вашего установщика, Пакеты выглядят многообещающе, но я на самом деле не пробовал.