вам нужно указать аргумент as_index=False
df.groupby(['Country', 'Item_Code'],as_index=False)[["Y1961", "Y1962", "Y1963"]].sum()
Country Item_Code Y1961 Y1962 Y1963
0 Afghanistan 15 10 20 30
1 Afghanistan 25 10 20 30
2 Angola 15 30 40 50
3 Angola 25 30 40 50
df.columns
Index(['Code', 'Country', 'Item_Code', 'Item', 'Ele_Code', 'Unit', 'Y1961',
'Y1962', 'Y1963'],
dtype='object')
вы также можете сделать
df.groupby(['Country', 'Item_Code'])[["Y1961", "Y1962", "Y1963"]].sum().reset_index()