Нельзя включать файлы в публикацию ClickOnce в общую папку и не включать их в развертывание на клиенте. Единственный способ сделать это - положить туда файлы самостоятельно.
Сложность заключается в том, чтобы определить местоположение развертывания. Я смутно помню, что activURI доступен только в том случае, если пользователь запускает его, вызывая ссылку на файл приложения в браузере или приложение доступно только онлайн. Вы можете попробовать сделать свое приложение только онлайн и получить это свойство и посмотреть, не является ли оно нулевым.
Тот, который вас интересует в ApplicatoinDeployment.CurrentDeployment.ActivationUri.
Рассматривали ли вы включение их в качестве встроенного ресурса?
RobinDotNet