Путь ввода и вывода пользователем файлов в R

Question

Я хочу написать сценарий R, который будет использовать путь пользователя для файла и выводить имя файла. После этого будет выполнена его обработка, а затем результат будет сохранен в этом файле.

Обычно, если бы мне пришлось сломать этот код в R studio, он будет выглядеть так:

d<- read.table("data.txt" , header =T)
r<-summary(d)
print(r)

the вывод, который отображается, также должен быть записан в выходной файл.

где data.txt -

1
2
3
4
45
58
10

Я бы хотел поместить код в файл с именем script .R, а затем запустите его следующим образом:

R script.R input_file_path_name output_file_name

Кто-нибудь может уделить пару минут и помочь мне.

Заранее большое спасибо.

Answer 1

Самый естественный способ передачи аргументов из командной строки - использовать функцию commandArgs. Эта функция просматривает аргументы, которые были предоставлены при вызове текущего сеанса R. Таким образом, создание скрипта с именем sillyScript.R, который начинается с

#!/usr/bin/env Rscript
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

, и запуск следующей командной строки

Rscript --vanilla sillyScript.R iris.txt out.txt

создаст строку vector args, которая содержит записи iris.txt и out.txt.

Используйте вектор args[1] и args[2] в качестве путей входного и выходного файлов.

https://www.r-bloggers.com/passing-arguments-to-an-r-script-from-command-lines/