Я не знаю, git, но, похоже, это проблема организации кода, а не проблема git. Я думаю, что я создал бы рабочее пространство, а затем имел бы приложение и тестовый проект в качестве подпроектов в этом рабочем пространстве, например
/packages/apps/<product-name>
- это рабочее пространство
/packages/apps/<product-name>/app-name
- это приложение
/packages/apps/<product-name>/app-name-test
- это тестовый проект для приложения