Расположение по умолчанию для того, что вы ищете в Puppet 6, соответственно:
/etc/puppetlabs/puppet/ssl/ca/signed
/etc/puppetlabs/puppet/ssl/ca/requests
/opt/puppetlabs/server/data/puppetserver/yaml
Похоже, вы пытаетесь избежать повторной регистрации всех ваших узлов с новым мастером, но Puppet 3 до Puppet 6 - это огромное обновление. Puppet внес некоторые изменения в обработку сертификатов между ними, и вы можете обнаружить, что Puppet 6 не принимает сертификаты, подписанные вашим CA Puppet 3. Одна вещь, которую следует учитывать, - это установить агенты P6 вместе с агентами P3 и использовать P3, чтобы агенты P6 регистрировались на главном сервере P6. Я сделал нечто подобное с обновлением с 0,24 до 5,0.