Причина, по которой это считается более безопасным, заключается в том, что вы должны иметь свой файл настроек в git или какой-либо другой VCS, чтобы иметь согласованную среду разработки, но ваши секреты должны быть за ее пределами. Таким образом, даже у разработчиков нет производственных секретов, если они им не нужны.
Это не требует дополнительной защиты, если вы внимательно относитесь к тому, как развертывать свой код, кто может доступ к серверам, и т.д. который также требует защиты.
Другой вариант - использовать текстовый файл на сервере.
Хороший вариант, если вы хотите зашифровать секреты, - хранить их в зашифрованном виде в вашем решении непрерывной интеграции , который вводит их в среду во время развертывания. Travis CI, GitHub Actions, более или менее любое решение CI может это сделать.
Но в целом просто держать его вне VCS и ограничивать доступ к секретам обычно достаточно.