Возникли проблемы с запуском вложенного l oop в моем сценарии оболочки - PullRequest
Новая
       57

Возникли проблемы с запуском вложенного l oop в моем сценарии оболочки

0 голосов
/ 30 мая 2020

Предоставление тегов для Shellscript: 

#!/bin/bash
#SBATCH -N 1
#SBATCH -t 00:05:00

bash запуск сценария для LDS C набор данных

загрузка модулей 

module load 2019
module load Python/2.7.15-foss-2019b

копирование файлов в царапина 

cp -r $HOME/ldsc/eur_w_ld_chr $TMPDIR

cp $HOME/output_dir/*_txt.sumstats.gz $TMPDIR

cp $HOME/output_dir/*_Jan23.tbl.sumstats.gz $TMPDIR

myLDSC=$HOME/ldsc/ldsc.py

cd $TMPDIR 

#create output dir
mkdir -p "$TMPDIR"/output_dir

ncors=15
for f in $(ls *.txt.sumstats.gz);do 
    for i in $(ls *_Jan23.tbl.sumstats.gz);do
((k=k%ncors)); ((k++==0)) && wait
{
#take .gz of files
ff=$(echo ${f} | sed 's/\.gz//') 
ii=$(echo ${i} | sed 's/\.gz//')
fff=$(echo ${ff} | sed 's/\munged_Summary_statistics_MAGNETIC_//')
iii=$(echo ${ii} | sed 's/\Munged_ENIGMA2_//')

#unzip files
gunzip ${f} 
gunzip ${i}

#call object with arguments

$myLDSC --rg ${ff},${ii} --out output_dir/LDSC_"${fff}"_"${iii}" --ref-ld-chr eur_w_ld_chr/ --w-ld-chr eur_w_ld_chr/
#surely this is the part where it's going wrong
} & 
done 
wait

#copy output dir from scratch to home
cp -r "$TMPDIR"/output_dir $HOME

Проблема, кажется, возникает здесь, в последней строке кода, l oop кажется, не закрывается должным образом, и я получаю ошибку, связанную с концом файла (EOF).

...