Я советую изменить запрос внутри пакета SSIS, чтобы вставить 1000 на 1000 вместо 1 на 1. Вы можете поиграть с числами, принимая во внимание результат производительности.
INSERT ALL
INTO mytable (column1, column2, column_n) VALUES (expr1, expr2, expr_n)
INTO mytable (column1, column2, column_n) VALUES (expr1, expr2, expr_n)
INTO mytable (column1, column2, column_n) VALUES (expr1, expr2, expr_n)
...
SELECT * FROM dual