Используете ли вы MultidexApplication в модуле, который не имеет зависимости от библиотеки multidex?
В файле build.gradle вашего модуля:
dependencies {
implementation 'androidx.multidex:multidex:2.0.1'
}
До gradle 6.1.1 вы могли использовать MultidexApplication в библиотечном модуле и зависит только от multidex в модуле приложения, который от него зависит. После обновления у вас также должна быть зависимость от multidex в модуле библиотеки.