невозможно импортировать Python модулей в R Studio - PullRequest
Новая
       120

невозможно импортировать Python модулей в R Studio

0 голосов
/ 21 июня 2020

Я непосредственно следовал инструкциям, изложенным на веб-сайте ниже, чтобы установить python virtualenv и установить пакет reticulate r:

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/360023654474-Installing-and-Configuring-Python-with-RStudio

In R Markdown chunk, я пробовал: 

```{r setup, include=FALSE}
require(reticulate)
setwd('/Users/hyunjindominiquecho/Desktop/mcmc_intermediate/')
Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "python/bin/python")

и 

```{python}
# import the necessary python packages
import numpy as np
import pandas as pd
import scipy.stats as st
from rpy2.robjects import pandas2ri
import math
from scipy.optimize import newton
import torch
from pandas import dataframe
from statistics import mean

, но я не могу импортировать все пакеты python, которые я хочу импортировать (даже после установки модулей в моем Python virtualenv с помощью команды pip install ...). Я получаю следующие сообщения об ошибках: 

RRuntimeError: Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : 
  shared object ‘methods.dylib’ not found


Detailed traceback: 
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/Users/hyunjindominiquecho/Desktop/mcmc_intermediate/python/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 19, in <module>
    from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject
  File "/Users/hyunjindominiquecho/Desktop/mcmc_intermediate/python/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/robject.py", line 58, in <module>
    class RObjectMixin(object):
  File "/Users/hyunjindominiquecho/Desktop/mcmc_intermediate/python/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/robject.py", line 70, in RObjectMixin
    __show = _get_exported_value('methods', 'show')
  File "/Users/hyunjindominiquecho/Desktop/mcmc_intermediate/python/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/conversion.py", line 44, in _
    cdata = function(*args, **kwargs)
  File "/Users/hyunjindominiquecho/Desktop/mcmc_intermediate/python/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface.py", line 624, in __call__
    raise embedded.RRuntimeError(_rinterface._geterrmessage())

Как я могу решить эту проблему?

Спасибо,

1 Ответ

0 голосов
/ 21 июня 2020

Поскольку у меня более чем python версия, я использую для вызова функции use_ python из пакета reticulate, чтобы определить, какую версию python использовать. Если это так, попробуйте эту команду: 

use_python("/path/to/python/bin/python3.7", required = T)

Измените python3 .7 на вашу python версию.

...