Получите неперекрывающиеся отдельные интервалы из набора интервалов Python - PullRequest
Новая
       128

Получите неперекрывающиеся отдельные интервалы из набора интервалов Python

1 голос
/ 30 мая 2020

Учитывая набор интервалов, я хотел бы найти неперекрывающиеся отдельные интервалы из набора интервалов.

Например:

Ввод: [[1,10], [5,20], [6,21], [17,25], [22,23], [24,50] ,[30,55], [60,70]]

Вывод: [[1,5], [21,22], [23,24], [25,30], [50,55], [60,70]]

Как я могу это сделать?

То, что я пробовал сейчас: 

gene_bounds_list = [[1,10],[5,20], [6,21],[17,25],[22,23], [24,50],[30,55],[60,70]]
overlap_list = []
nonoverlap_list = []
nonoverlap_list.append(gene_bounds_list[0])

for i in range(1, len(gene_bounds_list)):
    curr_gene_bounds = gene_bounds_list[i]
    prev_gene_bounds = nonoverlap_list[-1]

    if curr_gene_bounds[0]<prev_gene_bounds[0]:
        if curr_gene_bounds[1]<prev_gene_bounds[0]: #case1
            continue
        if curr_gene_bounds[1] < prev_gene_bounds[1]:  #case2
            nonoverlap_list[-1][0] = curr_gene_bounds[1]
        if curr_gene_bounds[1]>prev_gene_bounds[1]:
            # previous gene was completely overlapping within current gene,
            # so replace previous gene by current (bigger) gene and put previous gene into overlap list
            overlap_list.append(nonoverlap_list[-1])
            new_bound = [gene_bounds_list[i][0], gene_bounds_list[i][1]]
            nonoverlap_list.pop()
            nonoverlap_list.append([new_bound[0], new_bound[1]])

    elif curr_gene_bounds[0] > prev_gene_bounds[0] and curr_gene_bounds[1] < prev_gene_bounds[1]:
        # completely within another gene
        overlap_list.append([curr_gene_bounds[0], curr_gene_bounds[1]])

    elif curr_gene_bounds[0] < prev_gene_bounds[1]:
        # partially overlapping with another gene
        new_bound = [nonoverlap_list[-1][1], curr_gene_bounds[1]]
        nonoverlap_list[-1][1] = curr_gene_bounds[0]
        nonoverlap_list.append([new_bound[0], new_bound[1]])

    else:
        # not overlapping with another gene
        nonoverlap_list.append([gene_bounds_list[i][0], gene_bounds_list[i][1]])

unique_data = [list(x) for x in set(tuple(x) for x in gene_bounds_list)]
within_overlapping_intervals = []

for small in overlap_list:
    for master in unique_data:
        if (small[0]==master[0] and small[1]==master[1]):
            continue
        if (small[0]>master[0] and small[1]<master[1]):
            if(small not in within_overlapping_intervals):
                within_overlapping_intervals.append([small[0], small[1]])

for o in within_overlapping_intervals:
    nonoverlap_list.append(o)  # append the overlapping intervals

nonoverlap_list.sort(key=lambda tup: tup[0])
flat_data = sorted([x for sublist in nonoverlap_list for x in sublist])
new_gene_intervals = [flat_data[i:i + 2] for i in range(0, len(flat_data), 2)]
print(new_gene_intervals)

Однако это дает мне результат: [[1, 5], [6, 10], [17, 20], [21, 22], [23, 24], [25, 30], [50, 55], [60, 70]]

Есть идеи, как убрать нежелательные интервалы?

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 30 мая 2020

Нанести интервалы на временную шкалу. Поскольку диапазон равен 10**5, мы можем использовать память. Печать и сканирование могут выполняться за линейное время. 

intervals = [[1,10], [5,20], [6,21], [17,25], [22,23], [24,50] ,[30,55], [60,70]]

max_ = max(intervals, key=lambda x: x[1])[1]
timeline = [0] * (max_ + 1)

# mark plots
for start, end in intervals:
    timeline[start] += 1
    timeline[end] -= 1


# make the timeline
for i in range(1, len(timeline)):
    timeline[i] += timeline[i - 1]


# scan
result = []
for i, item in enumerate(timeline):
    if i == 0:
        continue
    prev = timeline[i - 1]
    if item == 1 and prev != 1:
        result.append([i, i + 1])
    elif item == 1 and prev == 1:
        result[-1][1] = i + 1
        end = i


print(result)

РЕДАКТИРОВАТЬ: Поскольку диапазон обновляется до ~ 10^8, это не сработает.

1 голос
/ 30 мая 2020

Вот как это сделать. Идея состоит в том, чтобы отслеживать количество слоев интервалов в любой точке. Для этого мы добавляем один слой при вводе интервала и удаляем один при выходе.

Мы начинаем с построения отсортированных списков начала и конца. Чтобы определить, является ли значение началом или концом, мы создаем кортежи (start, 1) или (end, -1).

Затем мы объединяем эти два списка, сортируя по значению, и перебираем полученный список (использование heapq.merge упрощает это). Каждый раз, когда количество слоев меняется на 1, у нас начинается неперекрывающийся интервал. Когда он снова изменится, это будет конец. 

from heapq import merge


def non_overlapping(data):
    out = []
    starts = sorted([(i[0], 1) for i in data])  # start of interval adds a layer of overlap
    ends = sorted([(i[1], -1) for i in data])   # end removes one
    layers = 0
    current = []
    for value, event in merge(starts, ends):    # sorted by value, then ends (-1) before starts (1)
        layers += event
        if layers ==1:  # start of a new non-overlapping interval
            current.append(value)
        elif current:  # we either got out of an interval, or started an overlap
            current.append(value)
            out.append(current)
            current = []
    return out


data = [[1,10], [5,20], [6,21], [17,25], [22,23], [24,50] ,[30,55], [60,70]]

non_overlapping(data)
# [[1, 5], [21, 22], [23, 24], [25, 30], [50, 55], [60, 70]]

Обратите внимание, что ожидаемый ответ, который вы задали в своем вопросе, неверен (например, он содержит 45, который не является частью входных данных)

...