Как вы упомянули, хотя предупреждение появляется в VSCode, но отлично работает при выполнении кода на терминале Anaconda, проблема может быть не обязательно в библиотеке Tensorflow, а в функции автозаполнения самого VSCode.
Вот ссылка , которая может помочь вам понять, что на самом деле происходит в VSCode.
Проблема в основном связана только с IDE / Editor, и если вам нужны функции автозаполнения для правильной работы вы можете попробовать использовать V1 api Tensorflow.