В Eclipse с правой стороны Console
есть две кнопки:
- Отображение выбранной консоли (изображение монитора)
- Open Console - изображение окна приложения
Попробуйте изменить их выпадающие значения, чтобы найти нужную консоль.
Это, конечно, если ваши настройки верны.