Похоже, что io.h является частью стандартной VS, но, вероятно, не является частью редакции WINCE (если она есть). Судя по твоим каталогам, у тебя его нет.
Я посмотрел на shell.c, и он не включает io.h, что для wince:
#if defined(_WIN32) || defined(WIN32)
# include <io.h>
#define isatty(h) _isatty(h)
#define access(f,m) _access((f),(m))
#else
/* Make sure isatty() has a prototype.
*/
extern int isatty();
#endif
#if defined(_WIN32_WCE)
/* Windows CE (arm-wince-mingw32ce-gcc) does not provide isatty()
* thus we always assume that we have a console. That can be
* overridden with the -batch command line option.
*/
#define isatty(x) 1
#endif
Возможно, вы компилируете с неверно определенными макросами.