Не думаю, что в Eclipse можно скомпилировать исходники в несколько мест.
В подобных ситуациях я создал другой проект внутри рабочей области, в который я связываю источники из разных мест. Итак, у меня был бы основной проект, который используется для развертывания. Тогда у меня был бы другой проект, который используется для чего-то другого, в данном случае тестирования. В вашем случае другой проект будет связывать источники из основного проекта.
Единственная проблема, с которой я столкнулся, это то, что я не узнал, как связать источники, используя относительные пути.
Чтобы связать исходные папки, вы должны использовать Свойства проекта -> Путь сборки Java -> Источник -> Ссылка на источник.
Скорее всего, вам также понадобятся ресурсы из основного проекта. Вы можете создать такую же структуру каталогов внутри другого проекта, создав папки ссылок. При создании папки в вашем проекте вы можете выбрать из дополнительных параметров «Ссылка на папку в файловой системе».