Вы не можете отключить их.
Вы можете сделать что-то вроде:
$filters = $form->getElementFilters();
$form->setElementFilters( array() );
$form->populate($data);
$form->setElementFilters( $filters );
Однако, afaik Zend_Form будет фильтровать значения только тогда, когда вы получаете их из формы, а не при заполнении формы, поэтому вышеприведенное бессмысленно. Если вам нужны необработанные значения, используйте
$form->getUnfilteredValues();