Веб-сервисы являются одним из лучших подходов к взаимодействию через Интернет. это не так уж сложно создать и использовать. Это так же просто, как подключиться к разным базам данных и написать разбор XML в вашем коде.
Существует так много способов сделать аутентификацию. Если вы используете IIS для развертывания веб-сервисов .net, то вы можете использовать аутентификацию Windows, аутентификацию с помощью форм. Эти 2 являются стандартными функциями IIS. Вы можете также реализовать свою собственную аутентификацию. Есть несколько совместимых алгоритмов шифрования, также для шифрования ваших данных.
Без веб-сервисов очень сложно установить связь между Java ad .net.
Вы также можете попробовать JSON. Но я не уверен.