Несколько лет назад я добился определенных успехов, используя Apache POI для извлечения содержимого письма из MSG-файлов. Я почти уверен, что у них есть простой Swing Explorer / Viewer, который вы можете использовать для изучения структуры в формате составного документа, но я не могу найти его сейчас.
Я смог извлечь большую часть информации, которая меня интересовала, но в конечном итоге хотел создать версию сообщения в формате MIME и не смог извлечь всю необходимую мне информацию в формате, который мог бы использовать.