Вам нужно будет преобразовать тело цикла в функцию или функтор. Там много необъявленных переменных, поэтому я не могу легко сказать, как отделить тело цикла. Вот удар в этом:
class DoStuff
{
int* R;
int xStep;
Data* data;
double massp;
double fm;
double* al2;
public:
DoStuff(int* R_, int xStep_, Data* data_, double massp_, double fm_, double* al2_) :
R(R_), xStep(xStep_), data(data_), massp(massp_), fm(fm_), al2(al2_) {}
void operator()(int ii)
{
int ishell = static_cast<int>(R[ii]/xStep);
double theta = atan2(data->pPOS[ii*3+1], data->pPOS[ii*3]);
al2[ishell] += massp*cos(fm*theta);
}
};
for_each(indexR, indexR+iR20, DoStuff(R, xStep, data, massp, fm, al2));