Если вы не можете быть уверены в том, какие другие скрипты есть на той же странице, которые могут манипулировать одним и тем же DOM, то, вероятно, это не имеет значения, если они написаны в другом язык. Проблема в том, что есть другие скрипты - JavaScript или нет.
Я бы использовал объект верхнего уровня с уникальным именем и поместил бы все свои вещи под этот объект. Таким образом, конфликты имен менее вероятны.