[Фактическое решение используется]
До сих пор я собирался отправить дескриптор окна вызывающего окна целевому приложению и заставить его, когда он закончил, вернуть его наверх. Это настоящая боль, так как у меня будет ~ 50 окон, но она кажется стабильной. Следующий подход, если окажется, что возникнут проблемы, - это перезвонить вызывающему приложению и попросить его выдвинуть окно на передний план, но я бы предпочел не делать этого, поскольку он дает возможность пользователю что-то сделать для вызывающее приложение во время передачи сообщения (проблема только в том случае, если по одному и тому же транспортному протоколу поступает много сообщений)
Не пытайтесь использовать дескриптор входящего окна и установить родительский элемент любого окна, показанного в целевом приложении, на этот дескриптор, он только заставляет показанный диалог появляться в границах окна вызывающего приложения и обрезается при необходимости - бесполезный
Большое спасибо за ответы выше на вопрос