Возможно, вы захотите создать массив ячеек, поскольку они могут хранить как числа, так и текст одновременно. Способ создания массива зависит от того, как вы сохранили имена файлов.
namesAndNumbers = cell(12000,2); % create cell array
%# fill in names
%# assuming the 12000 file names are in a structure you got via dir
[namesAndNumbers{:,1}] = deal(nameStruct(idxOfFirstFile:idxOfLastFile).name);
%# assuming the 12000 file names are in a cell array already
namesAndNumbers(:,1) = nameCell;
%# and for the numbers
%# assuming that the numbers are generated by a function name2number
namesAndNumbers(:,2) = cellfun(@(n)(name2number(n)),namesAndNumbers(:,1));