ClickOnce просто не устанавливается таким образом. Обычно они не имеют COM-хуков (для CreateObject) и устанавливаются в изолированной части профиля пользователя (а не в профиле этого компьютера). И не забудьте, что вы также можете получить несколько копий / версий одного и того же приложения одновременно через ClickOnce (из разных мест).
Один из вариантов (в 3.5 / VS2008) может заключаться в использовании нового материала для сопоставления файлов ... свяжите свое приложение с файлами ".foo", создайте пустой файл ".foo" и запустите его. Это может сработать. Посмотрите в диалоговом окне «Опубликовать => параметры» в VS2008.
В противном случае - в основном, если вы хотите использовать этот тип, я подозреваю, что вам нужно будет использовать msi (т.е. обычный установщик; не ClickOnce), чтобы зарегистрировать ваше приложение как библиотеку COM (dll). Обратите внимание, что .NET не является хорошим COM-сервером (exe) - поэтому не сравнивается напрямую с Word. Если вы хотите .NET COM-сервер, то лучше всего подойдут «обслуживаемые компоненты», но они не слишком велики для пользовательского интерфейса.
Для информации, изолированная область находится где-то около "% userprofile% \ Local Settings \ Apps \ 2.0", но это просто для интереса, так что вы можете увидеть это ... не пытайтесь запустить ее оттуда.