Определите, что вы имеете в виду под защитой ваших файлов php ...
Вы имеете в виду защиту написанного вами кода или защиту содержимого кода php от просмотра другими лицами, вы имеете в виду других пользователей в Интернете или других пользователей на вашем компьютере, на которых размещен код?
- Защитите файлы от пользователей www, добавив соответствующие обработчики документов в конфигурацию вашего веб-сервера (т. Е. Сделайте исполняемый файл .php)
- Защитите файлы от локальных пользователей с помощью chmod'а до 700 или 770 (в случае, если сервер работает от имени другого пользователя в качестве владельца файла).