На каком языке?
В bash (Linux / Unix) вы можете использовать:
rm version*
или в пакетном режиме (Windows / DOS) вы можете использовать:
del version*
Если вы хотите написать что-нибудь для этого на Python, это будет довольно просто - просто посмотрите документацию для регулярных выражений.
редактирование:
просто для справки, как это сделать в Perl:
opendir (folder, "./") || die ("Cannot open directory!");
@files = readdir (folder);
closedir (folder);
unlink foreach (grep /^version/, @files);