Никогда не публикуйте напрямую из Visual Studio на рабочем сервере!
Публикация на тестовом сервере для проверки QA, а затем копирование из QA в производственную среду (для существующего веб-сайта без изменений iis это просто вопрос копирования файлов).
Где я нахожусь, мы также отдельно держим эти опубликованные файлы под контролем версий, поэтому, когда QA подписывает сборку, процесс развертывания просто извлекает файлы из системы контроля версий на рабочем сервере.