Используйте Page.ClientScript.RegisterStartupScript () или Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock (), чтобы зарегистрировать значение переменных вашего сервера в переменных JavaScript, а затем вызывать их из внешнего файла .js
Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(this.GetType(), "variables", String.Format("var var1 = {1}; var var2 = {2};", someVariable1, someVariable2));