PHP может или не может быть лучшим инструментом, но вы знаете, как его использовать, и остальная часть вашего приложения написана с его использованием. Эти два качества в сочетании с тем фактом, что PHP «достаточно хорош», дают веские основания для его использования вместо Perl, Ruby или Python.
Если ваша цель - выучить другой язык, выберите его и используйте. Любой язык, который вы упомянули, будет работать, без проблем. Мне нравится Perl, но то, что вам нравится, может отличаться.
Symcbean дает несколько полезных советов о том, как управлять фоновыми процессами в своей ссылке.
Короче говоря, напишите PHP-скрипт CLI для обработки длинных битов. Убедитесь, что он сообщает о состоянии каким-либо образом. Создайте страницу php для обработки обновлений статуса, используя AJAX или традиционные методы. Ваш стартовый скрипт запустит процесс, запущенный в своем собственном сеансе, и вернет подтверждение того, что процесс идет.
Удачи.