Используйте FileInputStream для чтения файла и FileOutputStream для его записи.
Вот простой (неполный) пример (отсутствует обработка ошибок, записывается 1K кусков)
public static int split(File file, String name, int size) throws IOException {
FileInputStream input = new FileInputStream(file);
FileOutputStream output = null;
byte[] buffer = new byte[1024];
int count = 0;
boolean done = false;
while (!done) {
output = new FileOutputStream(String.format(name, count));
count += 1;
for (int written = 0; written < size; ) {
int len = input.read(buffer);
if (len == -1) {
done = true;
break;
}
output.write(buffer, 0, len);
written += len;
}
output.close();
}
input.close();
return count;
}
и называется как
File input = new File("C:/data/in.gz");
String name = "C:/data/in.gz.part%02d"; // %02d will be replaced by segment number
split(input, name, 5000 * 1024));