Скорее всего, у вас возникла проблема с z-index. Для вашего меню установите z-index для него и всех его дочерних элементов управления на большое число, а затем установите z-index для iframe на низкое число. Если это не решит вашу проблему, вам нужно будет продолжать устанавливать z-index в родительских элементах вашего меню и вашего iframe, потому что в некоторых (всех?) Браузерах z-index выполняет своего рода распространение, где, если у родителя есть более низкий z-индекс чем один из его родных братьев, тогда родной брат получит приоритет и закончится на вершине.
Вам также необходимо убедиться, что для ваших элементов свойство css position установлено на значение, отличное от значения по умолчанию, поскольку z-index работает только с позиционированными элементами.
Есть также известные проблемы со старыми браузерами в отношении фреймов, поэтому, если вы используете старый браузер, попробуйте что-нибудь более современное.
iframes - хитрый зверь, так что вам действительно придется экспериментировать с различными вещами, чтобы выяснить вашу конкретную проблему. Я мог бы предоставить больше информации, но мне нужно будет увидеть пример вашего HTML / CSS, где он не работает.