Похоже, ответ был прост, но неясен; У меня был параметр приложения (пароль), который содержал символ «>». Я попытался преобразовать приложение в .NET 4, а затем обратно в .NET 3.5, и все работало нормально, так как во время процесса символ был экранирован до «>». Никогда не было проблем с этим персонажем, пока не произошли преобразования конфигурации, но, по крайней мере, теперь это просто.
Редактировать: подробно рассказано в блоге: Ошибка преобразования Transform преобразования Visual Studio 2010 TransformXml