Я хочу написать плагин, который отслеживает обновления в текстовом файле и сохраняет их в отдельном файле.
Должен ли я сначала написать простую Java-программу, которая делает это, а затем попытаться преобразовать ее в плагин?
Я бы предложил начать писать плагин. Eclipse имеет собственное представление о файловой системе. Вы можете сэкономить много работы и хлопот, если будете использовать этот API напрямую. И результат будет намного лучше интегрирован в затмение.
Вы можете начать читать об API здесь: http://help.eclipse.org/galileo/index.jsp?topic=/org.eclipse.platform.doc.isv/guide/resInt.htm
В значительной степени. Это всего лишь вопрос адаптации к набору API , предназначенному для разработки плагинов. Если вы разрабатываете свою программу модульным способом, переход с автономного на плагин не должен быть слишком сложным.