Извините, я переписываю весь ответ, так как помню, что я должен был сделать, и какие должны решить вашу проблему.
Проверьте ваш файл .htaccess в каталоге верхнего уровня, я добавил исключения для js/css/images
dirs, иначе они были бы переписаны:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|css|images|js|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]