Особенно интересен случай, когда вы сравниваете
java.util.Arrays$ArrayList<[[name,value,type], [name1,value1,type1]]>
и
java.util.Collections$UnmodifiableCollection<[[name,value,type], [name1,value1,type1]]>
Пока что единственное решение, которое я вижу, это преобразовать их в наборы
assertEquals(new HashSet<CustomAttribute>(customAttributes), new HashSet<CustomAttribute>(result.getCustomAttributes()));
Или я мог бы сравнить их поэлементно.