Я хочу создать окно, для этого я знаю, что должен использовать gtk + toolkit, а как это использовать?
Вы проверили учебник из: http://resources.esri.com/help/9.3/arcgisengine/com_cpp/Cpp/scenarios_quickstarts/gtk_get_started.htm
Или примеры из GTK?
Самый простой способ сделать это - использовать дизайнер интерфейса, например Glade . .