"... где # ics_alert_submit - кнопка в сгенерированном jquery модальном окне ..."
Как создается кнопка отправки? Если он отсутствует при загрузке страницы, событие click () не прикрепляется.
Если это так, вам понадобится:
$("#ics_alert_submit").live('click', function() {
$("#ICS_upload_form").submit();
});
Это будет искать #ics_alert_submit для динамического добавления в DOM и прикрепит событие при добавлении.