Это, вероятно, зависит от аудитории - если вы имеете дело с веб-сайтом по компьютерной безопасности, я бы предположил, что больше людей отключат JavaScript.
Если вы можете, придерживайтесь прогрессивного улучшения , где это возможно, и старайтесь убедиться, что сайт по крайней мере пригоден для использования без выключенного JavaScript.
Если вы не уверены - тогда настройте логирование. Небольшой javascript для настройки любых внутренних ссылок, по которым щелкают, чтобы добавить что-либо в строку запроса, может довольно быстро сказать вам, сколько людей включили javascript.