Развертывание приложения, которое использует базу данных SQL Server на целевом компьютере, не является тривиальной задачей. В зависимости от того, насколько автоматизированной должна быть установка, вам потребуется не только установить приложение, но и экземпляр SQL Server (обычно с использованием SQL Server Express), а затем настроить базу данных на этом экземпляре SQL Server. Тогда, конечно, есть варианты, которые вам, скорее всего, понадобится поддерживать (например, настройка базы данных на локальном компьютере или на сетевом сервере без установки SQL Server Express).
SQL Server Compact Edition может лучше подойти для вашего приложения - только вы будете знать наверняка. Если вас интересует SQL CE, вы можете прочитать эту запись в блоге о LINQ to SQL и SQL CE.