Добавьте запись в ваш .profile, чтобы указать путь к тому, что вы хотите, чтобы он был в cygwin.
В cygwin запустите команду:
$ <favourite text editor eg vi> ~/.profile
Затем установите переменную среды PATH равной тому, что вы хотите, например ::
export PATH=/cygdrive/c/cygwin/bin
ПРИМЕЧАНИЕ Я не могу вспомнить, можете ли вы использовать версию пути c: ..., но если вы выполните команду env, вы увидите, какой она должна быть.