Вы можете перейти к обоим, используя канонический URL s. Например, в <head> файлов /Java.html и /book/Java.html:
<link rel="canonical" href="/book/programming/Java.html" />
При этом робот Googlebot (и пауки Yahoo / MS) увидит текущую страницу как копию канонической ссылки и проигнорирует ее, без обычных недостатков, связанных с дублирующим контентом.
Длинные URL-адреса хороши для того, чтобы быть описательными, понятными и доступными для поиска, в то время как короткие URL-адреса удобны для того, чтобы люди могли посылать их друзьям и в любую социальную сеть в течение дня.
Сохранение различных URL и дупсов добавит серверной работы. Если бы это было слишком много усилий, я бы пошел с длинной формой для удобства пользователей и поиска. "java.html" может быть просто случайной страницей о кофе, ей нужен контекст.