Это часто происходит, когда вы используете что-то вроде cherrypy / django, и процесс перезапускается после того, как вы изменили файл python во время его работы. Когда это происходит, я думаю, что процесс отличается, но все еще использует ту же консоль вывода и, следовательно, не будет убит, когда вы нажмете красную кнопку.
Я не уверен, что есть способ исправить это, кроме отключения автоматического перезапуска в веб-фреймворке и т. Д.