Я не уверен, что полностью понимаю, в чем ваша проблема, здесь (см. Мой комментарий); однако:
Если вы переименуете файл в стволе , тогда он будет записан как набор изменений в стволе, поскольку все изменения, которые вы делаете в репозитории TFS, связаны с набором изменений таким образом, будь то связанные с разработкой или администрацией хранилища. Если вы затем намереваетесь использовать свою ветвь снова, вам нужно будет интегрировать этот набор изменений из внешней линии, выполнив слияние с существующей веткой. В противном случае, когда вы попытаетесь перенести изменения из ветви в ствол, вы получите конфликт.
Если вы не уверены на 100% в понятиях TFS (или в этом отношении в целом по управлению исходным кодом), я бы рекомендовал прочитать Microsoft Patterns & Practices: Team Development with TFS Guide четко определяет основы ветвления, слияния и т. д.