Можно ли отключить диалоговое окно параметров для консольного приложения .net? Или как-то удержать пользователя от изменения свойств консоли?
Нет. Это невозможно.
На самом деле, это может быть возможно, если взять hwnd окна консоли и поработать с ним. Но это, безусловно, приведет к бедствиям в других версиях / локалях Windows. Не делай этого.
В любом случае, зачем вам это делать?