Посмотрите на задачу exec . Он позволяет вам выполнить системную команду из вашего скрипта Ant.
EDIT:
Примером может быть:
<target name="RunVbScript">
<exec executable="cscript">
<arg value="MyScript.vbs"/>
<arg value="argument 1" />
<arg value="argument 2" />
<arg value="argument n" />
</exec>
</target>