Я думаю, что другие ответы могут не учитывать тот факт, что вы хотите указать рабочий каталог, а не только то, что вы хотите запустить junit в определенном каталоге. Другими словами, вы хотите убедиться, что если тест создает файл без информации о пути, он указывается из базового каталога.
Попробуйте передать нужный каталог в качестве аргумента JVM для junit, переопределив user.dir
:
<junit fork="true" ...>
<jvmarg value="-Duser.dir=${desired.current.dir}"/>
....