Да, конечно; до тех пор, пока программа Java имеет правильные учетные данные, пользователю, с которым она входит, предоставляется надлежащий доступ из базы данных и т. д.
С точки зрения базы данных она понятия не имеет, кто к ней подключается или с какой технологией они подключаются - все, что она видит, это просто еще одно соединение.
См. Установление соединения в том же учебнике JDBC Я связывался ранее.