Разница между «Веб-сайтом» и «Веб-приложением» заключается в том, что с «Веб-сайтом» только код из «App_Code» компилируется в сборку .net; все остальное компилируется во время выполнения; с помощью «Веб-приложения» весь ваш код, если он скомпилирован в сборку .net.
Я предполагаю, что вашей главной страницы нет в App_Code. Вы сказали, что класс PageBase находится в App_Code. Поэтому кажется, что вы пытаетесь унаследовать класс, скомпилированный во время выполнения, в классе, который предварительно скомпилирован.
Я думаю, что вам нужно либо иметь класс PageBase вне App_Code, либо вам нужен код для главной страницы внутри App_Code.
Пожалуйста, дайте нам знать, как это сделать.