Используйте флаг / s, чтобы иметь '.' также применяются к символам новой строки или просто проверяют наличие символов новой строки - обычно '[\ n \ r]'. Я еще не читал это сам, но действительно проверяю больше информации о библиотеке PCRE в http://www.pcre.org/pcre.txt
Осторожно, как вы формируете свой шаблон - длинные входные строки с символами новой строки, смешанными с неправильно понятыми шаблонами, могут привести к необъяснимым ошибкам сценария и сбросу соединения.
В вашем случае, функции PCRE здесь не нужны и в любом случае могут привести к неожиданным результатам. Если вы просто хотите извлечь содержимое одной таблицы на странице, почему бы не сделать простейшие ...
$start = stripos($input, "<table>");
$end = stripos($input, "</table>", $start);
$my_table = substr($input, $start, $end);