Если у вас есть Makefile, вы можете создать новую цель; тогда вы пройдете все этапы компиляции, чтобы дублировать их, используя Splint вместо компилятора.
Однако мой совет - против подхода с полной программой. Если вы можете изолировать вашу систему на отдельные части, я бы лучше начал проверять их, одну за другой. Поскольку ваша программа «довольно большая», ожидайте тысячи предупреждений ... для каждого ваших модулей. Вы начнете избавляться от них, как только вы посыпаете свой исходный код соответствующими семантическими аннотациями. Удачи! :)